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学术专题

开源软件编译安装基础篇--高性能计算部 秦莉兰

2018-11-14



随着计算机快速发展及普及,各行各业开始运用工作站/大型服务器进行开发或者完成以往人类自身无法完成的计算工作。国家超级计算深圳中心(以下简称中心)的曙光6000超级计算机为高性能计算用户提供了强大的计算能力。

借助于先进的服务器资源和丰富的开源软件,专家/教授/科研工作者能够根据自己需求,在服务器上对软件进行个性化编译安装,来快速推进各项目的开展。

Linux因为其稳定性、安全性、丰富的软硬支持等优点被作为绝大多数服务器的系统。相对于都熟悉的Windows系统而言,很多人在服务器上安装编译开源软件时,感觉一头雾水:

l不像Windows系统是图形化界面,安装软件时直接“下一步”“下一步”就OKLinux系统中Shell操作命令到底怎么用?

l开源软件一般为国外开发,安装说明语言为英语,外加很多专业术语较难理解,不知道如何安装;

l依赖库、环境变量都是些什么鬼?到底如何查看?

l为安全性考虑,服务器没有联网,如何解决?

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类似中心高性能计算分区的服务器没有直接和外网联通,一般采用安装源代码包的方式,编译安装时需要注意以下几点:

1.熟悉Linux的几个基本命令

mkdir命令

cp命令

pwd命令

ls命令

 

   2.查看Linux系统的版本

  在下载需要安装的软件包前,需要查看Linux系统的版本,是SUSECentos或其他版本。有些软件的源代码包有很多版本可以选择,要选择一款与系统匹配的版本才能顺利安装完成。提前查看所使用服务器的Linux系统版本很重要!

*中心YW分区Linux系统的版本为CentOS 6.5

 

 

 

3.确认软件需要的环境及依赖库

在下载好软件包后,先不要着急安装!

先查看软件安装的说明文件,仔细阅读安装该软件需要的环境或者依赖库是什么,比如:安装Gromacsv5.1.4时,CMakev2.8.8能够满足要求,但安装Gromacsv2018时,至少要CMakev3.4.3才能满足需求,需要提前安装好能匹配的CMake版本。提前查看软件需要的依赖库很重要!

*安装Gromacsv5.1.4CMake版本说明

*安装Gromacsv2018CMake版本说明

在安装软件的较新版本时,需要的依赖库也比较新。建议先查看系统中是否已经安装相应的新版库。如果已经安装,只需要将相应的路径添加至环境变量文件中,就可以直接调用,省时省力。

例如,在安装CP2K软件时,需要GCC的版本至少为4.6,若要自己安装一次GCC耗时约9个小时。通过查看,服务器中已安装了8.1.0版本,可以直接使用,节省很多时间。查看系统中已安装的库很重要!

*安装CP2K软件对GCC版本的说明

*中心服务器已配置GCC高版本

4.按照安装指南进行安装

一般软件都会有说明文件,里面会有相关的安装说明。通常安装步骤为:1.检测平台特性,配置相关的参数等;2.预编译;3.安装。

*abinit软件安装步骤说明

安装完成后即可进行相应的测试。